La Région Bretagne est depuis 2017 responsable de l’organisation des liaisons maritimes qui relient les îles au continent. À Belle-Île-en-Mer, Houat, Hoëdic, Groix, Sein, Molène, Ouessant, Arz et Bréhat, ce service public de transport, fonctionnant toute l’année, est garant de la continuité territoriale. Essentiel à la vie quotidienne des insulaires, il permet aussi aux visiteurs de découvrir ces sites exceptionnels.
La Région organise également les lignes TER, les lignes de car et les circuits scolaires (hors métro-pole ou agglomération). Avec les dessertes maritimes, ces services constituent l’offre intermodale train – car – bateau du réseau régional de transport BreizhGo, qui couvre l’ensemble du territoire. Dans le cadre de ce réseau, la nouvelle gare maritime sera un véritable pôle d’échanges multimodal (PEM) où les aménagements permettront de faciliter la transition des bateaux vers le train, le car ou la voiture. Depuis la gare maritime de Quiberon, il est possible de relier Auray en train ou en car. À Auray, les connexions TER et TGV assurent des liaisons quotidiennes avec Quimper, Lorient, Vannes, Rennes et Paris.