La ville de Brest est à l'origine très liée à l'arsenal et à la base navale créées sur les rives de la rivière Penfeld selon la décision de richelieu en 1631.
 
Le développement de la ville tient naturellement beaucoup au déploiement progressif de l'activité militaire sur le site de Penfeld et en rade de Brest.
Jusqu'en 1865, le port marchand utilise les quais de la Penfeld. Il faut attendre 1860 pour voir se construire le port de commerce, sur le site de l'anse de Porstrein, non loin de la Penfeld. Le nouveau port, gagné sur la mer, est mis en service le 1er octobre 1865. Il sera complètement terminé en 1879, compte cinq bassins, et devient un quartier de la ville gagné sur la mer en pied de falaise. Au fil du XXème siècle, le port gagne progressivement vers l'Est, s'étendant en pied de falaise (cf : " 150 ans de développement du port de commerce de Brest"). Entre 1960 et 1980, 150 ha sont ajoutés pour former la zone industrialo-portuaire.
 
Aujourd'hui, le port de commerce est très proche de la ville, formant sa partie basse. Le port historique de Porstrein en constitue la partie urbaine, ouverte au public. Vers l'Est les extensions portuaires ont permis la création des emprises du port de plaisance du Moulin-Blanc et d'Oceanopolis. Un schéma de référence, souhaité par les élus, et mis en oeuvre entre 1995 et 2015 a permis d'organiser spatialement l'interface ville-port, autorisant l'aménagement urbain à l'Ouest, l'aménagement à l'Est des surfaces de loisir, et la création de voiries spécifiques pour la desserte du port. La partie active du port de commerce (trafics commerciaux, réparation navale) s'est fermée pour des raisons de sécurité et de sûreté, les dépôts d'hydrocarbures et de gaz justifient une réflexion en cours dans le cadre du dispositif des plans de prévention des risques technologiques. 

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